Ano 2000. Um meteoro de imensas proporções cai no círculo polar antártico. Com ele, ocorre a maior catástrofe já presenciada pela raça humana, que ficaria conhecida como "Segundo Impacto", reduzindo a população mundial à metade e provocando diversos distúrbios climáticos e civis.

Quinze anos depois, quando surgiam sinais de recuperação, uma nova ameaça assola a raça humana: os "Anjos", seres desconhecidos gigantescos, que cometem incessantes ataques contra a humanidade. Para combatê-los, é desenvolvida uma arma de combate chamada "Evangelion", e para pilotá-las foram escolhidas três crianças. Entre elas, está Shinji, um garoto depressivo que é filho de Gendo Ikari, comandante da NERV, a organização que desenvolveu os EVAs.

O garoto retorna à Tóquio-3 a pedido de seu pai, com quem nunca manteve contato, apenas para descobrir que é o piloto do EVA Unidade-01. Shinji reluta em aceitar o posto, mas após ver Rei Ayanami, piloto da Unidade-00, ferida em ação, decide combater os Anjos. Começa, então, mais uma derradeira batalha pela sobrevivência da humanidade...